영화 크레딧까지 다 본분이라면 아실것이다.
영화의 마지막에서, 닉 퓨리가 아이언맨을 SHIELD 에 가입시키게 된다.
이는, 오리지널 아이언맨에서 Civil War 루트로 나갔음을 의미할수도 있다.

현재 마벨코믹스에서 제일 뜨거운 토픽은 "Civil War" 이다.
스파이더맨, 헐크, 아이언 맨등등 슈퍼히어로들의 노력으로 세계는 드디어 평화가 보이는듯 했다.
하지만 문제가 생겼으니, 바로 "신생 히어로"들이다. 능력도 성적으로 따지면 C 급도 안되는 것들이 A 급 악당을 잡고 자기도 거물이 되고 싶어하는, 그런 트렌드가 만연하기 시작했다. 이들에겐 정의보단 명성과 인지도가 더 중요하다.

이런 얄팍하고도 싸구려 같은 신생 히어로들이 대형사고를 치르게 된다.

멋도 모르고, "나이트로"라는 폭발 능력을 지닌 A급 악당을 C 급 신생히어로들이 잡으려 하다, 나이트로는 뜨거운 맛을 보여주겠다며 능력을 개방, 마을 하나를 싸그리 날려버린 것이다. 이에 미국 국민들은 히어로들을 규탄하고, 토니 스타크는 이에 "슈퍼 히어로 등록 법안"을 제시한다. 실드 (S.H.I.E.L.D)의 실세인 스타크가 밀었던 정책인 만큼, 이 법안은 발표된다. 이 법안은, 모든 슈퍼히어로들이 국가 요원으로 등록할것이며, 실드 산하에서 특수 경찰로 편제 되는 것을 목표로하는 법안이었다. 이 법안의 제일 치명적인 점은 슈퍼 히어로들의 정체가 민중에게 밝혀지게 된다는 것이었다. 즉 등록된 영웅은 진짜 이름과 신상정보가 천하에 밝혀지게 되는것이었다.

이에 발칵한 슈퍼히어로중 하나가 캡틴 아메리카이다. 캡틴 아메리카는 "우리의 가면이 지닌 의미를 넌 모른다" 라며 역설한다. 사실 슈퍼히어로라 하더라도, 가면을 벗으면 일반 사회에서 살아가는 히어로들이 많은 만큼, 히어로 자신 및 주위 사람들이 위협받을수 있다는 것이다. 스타크는 이에 "평화로운 시대이다" 라며 "총기도 등록하는데 우리도 등록안되는건 어떤 논리냐"며 반박한다.
처음엔 이 알력 다툼은 조용한 레벨에서 시작되었지만, 두개의 사건으로 크게 불거지기 시작한다.


일단은 스파이더맨의 커밍아웃이다. 스파이더맨은 신분을 비밀로하는 히어로의 아이콘이었지만 아이언맨에게 낚여서 아이언맨의 "슈퍼 히어로 등록 법안" 지지파의 얼굴마담이 되었다. 이에 많은 중립파들이 스파이더맨을 뒤따라 등록을 하게 된다. 후에 아이언맨이 법안에 반대한 영웅들을 가두는 것을 보고 스파이더맨은 뼈있는 대사를 내뱉고 스타크에게 등을 돌린다.

이런 스파이더맨의 변절이 "토니의 타락"을 알려주는 커서가 되었고, 캡틴 아메리카가 이끄는 반 아이언맨 조직 "어벤져스"는 점점 힘을 키워 가게 된다. 한편, 엑스맨들은 "자비어 재단은 어느쪽도 참여하지 않고, 본디의 초능력자 교육과 양성에만 신경쓴다"라는 말로 어느 쪽도 편들지 않기로 결정한다.


또다른 이벤트는 골리앗의 죽음이다. 골리앗은 거대화 능력을 가진 슈퍼 히어로 였지만, 성격이 워낙 좋은지라 다른 히어로들과 유대가 깊었다. 캡틴 아메리카와 아이언맨이 대립하게 되고, 싸움이 한판 벌어지게 된다. 토니의 말을 따자면 "그냥 투닥거리고 끝날" 싸움이, 이 골리앗의 죽음으로 새 국면을 맞이한다. 거기다가 골리앗을 죽인건, 세상을 구하고 자취를 감췄던 북구 신화의 영웅, "토르"의 복제본이었다. 그것도 토니 스타크가 판타스틱 포에게 제작을 의뢰했던것이 밝혀진다. 그냥 한판 투닥거리고 화해할 싸움판은, 캡틴 아메리카가 이끄는 어벤져스와 아이언맨의 실드간의 증오의 골을 깊게 만들었다.

앞서 말한 스파이더맨의 변절로, 토니 스타크가 변했음을 알게 되고 아벤져스는 특수 감옥에 갇힌 어벤져스 멤버를 구출하기로 한다. 하지만 토니 스타크가 잠입시킨 스파이로, 모든게 들통하고, 캡틴 아메리카는 갇힌 어벤져스를 다 풀고는 급하게 도시로 도망나온다. 이에 아이언맨과 실드멤버들은 어벤져스를 일망타진하려고 도시에서 전투를 벌인다. 박터지게 싸우고 있을무렵, 캡틴 아메리카는 주위를 둘러보고 상처받고 공포에 질린 민간인과, 목숨을 바치며 지킬려했던 도시가 박살난것을 보게 된다. 캡틴 아메리카는 이에 모든 전투 중지를 명령, 자신은 아이언맨에게 항복하며 어벤져스는 무의미한 투쟁을 그만두라고 한다.

캡틴 아메리카의 특수감옥 수감으로, Civil Wars 는 막을 내린다.